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根据《珠三角地区城际轨道交通同城化规划》，涉及东莞的城际轨道交通线共5条，分别是穗莞深城际、佛莞深城际、中莞城际、莞惠城际、虎龙城际，联络线1条（即虎龙城际樟木头站—莞惠城际谢岗站联络线）。
将实行全天候班次
穗莞深城际轨道是高速铁路，建成之后将实行全天候班次，列车平均速度可达每小时140公里。
穗莞深城际轨道交通线经麻涌、洪梅、沙田、虎门、长安进入深圳，在惠州市经过沥林、陈江、惠环、惠城等镇（区），最终到达惠州火车北站小金口，正线全长99.5公里，其中东莞市境内长70.85公里，惠州市境内长28.65公里。
穗莞深城际轨道交通在东莞境内设麻涌、洪梅、沙田、虎门火车站、虎门商贸城、长安乌沙、长安步行街等车站，其中，虎门火车站、虎门商贸城为地下站，其他均为高架站。
麻涌－深圳机场段设13站
据了解，穗莞深城际轨道交通项目工程麻涌－深圳机场段，起点在东莞麻涌，经洪梅、沙田、厚街、虎门、长安，进入深圳境内经松岗、沙井、福永、深圳机场北，线路全长70.4公里，其中地下线15.6公里，高架线53.3公里，过渡段1.5公里；车站13座，包括地下站4座，高架站9座。
拟在麻涌车站广州端设车辆段和综合维修基地一座，同时预留兼顾莞惠城际车辆大修、架修功能，在松岗站广州端设停车场一座，控制中心和莞惠线合建并在本线一并建设，建筑面积10000平方米左右，主变电所5座。
速度为140公里/小时
据了解，穗莞深城际轨道共设16个站，平均5公里就有一个站台，速度目标值为140公里/小时，全程运行时间为60分钟；每两分半钟就有一列列车，采用公交化运营模式，不用提前买票，随时都可以上下车；可能采用6列车厢编组的列车，全部为国产列车，一趟可以运载约1200人。
东莞市城市轨道交通
R1线：麻涌站-新人民医院站-松山湖站-黄江南站
R2线：东莞火车站（石龙新火车站）、茶山站、银珠街站、温南路站、东城路站、旗峰公园站、会展中心站、新城中心站、南城水濂公园站、厚街大道站、厚街汽车站、厚街展览中心站和东莞虎门站（虎门白沙）。
R3线：长安汽车站-松山湖站-东莞东站-谢岗南站
R4线：黄江南站-清溪汽车站
注：麻涌规划预留与东莞市域R1线换乘的条件；洪梅规划预留莞惠城际接轨的条件；在虎门白沙与广深港客运专线虎门站换乘，并预留与东莞市域R2线的换乘条件；长安步行街规划预留与东莞市域R3线的换乘条件。
