造价约300亿 专营期50年
根据工程可行研究推荐的桥隧组合方案和目前对大桥主体范围的界定，内地有关研究机构估算，港珠澳大桥主体预算为大约300亿，其中需由三方面政府补贴的约为120亿；照此计算，香港政府需承担补贴约60亿元。不过，本港有财务和工程专家表示，由于通胀和利率等动态因素影响，加上大桥建设难度很大，目前还难以准确估算成本，但主桥预算很可能超过400亿。
按照内地有关方面就项目投资值的初步预测，港珠澳大桥项目静态投资约481亿元﹔大桥主体部分静态预算为318亿，加上银行利息等其他部分将达400亿。但由于目前确定的香港侧桥部分已划入港方接线，则港珠澳大桥主体工程的预算为大约300亿。
消息人士称，从动工算起，港珠澳大桥工期大约需6年。收费收入按跨界交通车辆配额政策及最高收费方案情况下的交通流量计算，收费期限为50年。而按照国家相关法规，港珠澳大桥项目所需资本金比例约35%，其余可由银行贷款等其他方式解决。
所需资本金比例35%
据消息人士称，目前三方政府所认可的资本金比例大约在35%—40%之间，即三地政府需按照各自效益费用比所负担的费用大约为105-120亿。按照郑汝桦昨日透露的香港负责50.2%，广东负责35.1%，澳门负责14.7%的比例，香港所负担费用大约为50-60亿，广东方面大约需负担30-40亿，其余由澳门负责。
对于这个估算，中文大学财务学系副教授苏伟文表示，大桥实际造价目前难以准确估计。他说：“现时所说的300亿元或350亿元，都只是一个估计，况且通胀、利息等因素未准确评估。假若我们以每月通胀率为4%去计算，最终造价或要400亿元，但这是一个完全不准确的数字。”他担心，若最终未有私人承办商承办项目，当局或要承担高达数百亿的建造费用。
当地地质状况影响造价
工程师学会前会长梁广灏亦表示，现阶段难以估计大桥造价，但根据大桥的设计及地势计算，造价起码要 300亿元。他又表示，现时大桥以隧道结合高架桥形式建造，再配合地形跟航道运作，这较全部以高架桥设计，更加符合成本效益。他说：“桥加隧道的设计应是最合适及省钱的做法，因为如果全条是桥，桥的跨道会很大，且桥底要让大船能通过，建造价会相对更高。”
另一名工程师学会前会长黄泽恩则表示，受地质及河床等地理因素影响，整项工程造价可能有波动。他说：“岩石的质素可能相当差，如果建造隧道时，遇到土质差，造价会大幅上升，工程难度会大。”
