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深圳湾口岸占地110公顷（其中香港为40公顷，深圳为70公顷）。
深圳湾旅检大楼设计时尚，现代新颖，既符合交通建筑便捷顺畅的特性，又体现出海洋文化的轻灵与通透，还能满足海岸建筑抗台防暴的要求。该旅检大楼耐火等级一级，抗震设防烈度7级，耐久年限为120年。
旅检楼一楼为入境大厅，二楼为出境大厅。若人流量增大，出境市民将从联检楼大门的右侧通道上楼，通过一个小斜坡到二楼，斜坡通道右侧设有两部电梯，行李多或行动不便的市民可乘电梯上坡。
若小车需要过境，则可通过联检楼两侧的小车通道出入境。联检楼两侧各有38条小车出入境通道，驾车者无须下车检查就通过深圳两道检查站进入香港界，通过香港一道检查后便可沿辅道直接绕上深圳湾公路大桥左侧，按照香港习惯行驶。而从香港驶来的小车则可以直接沿辅道直行进入香港的出境查验区。通过港方验放后，可以看见清晰的指示牌，包括巴士总站、的士上落客区和离境旅游巴士和客车通道。
由于深圳湾货检区远远大于旅检区，其整齐漂亮的货检区X光机检查大楼就成了科技含量最高的部分。X光机货检大楼中部有两条通道，凡是出入深港的货柜车都要经过X光扫描通道进行检查。检查时车上所有人员都要下车，通道封闭后四个可移动的查验平台的X光将透过钢板验查货物。 （记者 黄学民）
