1神经外科
于1953年建科，现为国家教育部重点学科、“211”工程一、二期建设学科、上海市神经外科临床医学中心和上海市神经外科急救中心；2000年成立上海市华山神经外科（集团）医院；2001年成立上海市华山神经外科（集团）研究所。院本部有床位近180张，七个分院有近330张床位，总床位数逾500张。总院和分院各拥有7个和10个神经外科专用手术室，配备有术中磁共振导航系统、神经导航系统、手术显微镜、激光刀、超声刀、微型快速磨钻、脑内窥镜等先进设备。年均门诊近3万人次，急诊逾5千人次，（集团）医院年临床治疗总病例数逾9000例，肿瘤手术占65%；其中伽玛刀治疗年均1000余例，累计已达1万余例。该科在微侵袭神经外科、脑脊髓肿瘤、血管性疾病的外科治疗以及颅脑创伤、功能神经外科、细胞分子神经外科等方面居国内领先水平，部分达国际先进水平。
2手外科
创建于1960年，是国内最早建立手外科之一。杨东岳教授和顾玉东院士在开创之初就完成了世界首例第二足趾游离移植和世界第三例、国内首例下腹部游离皮瓣移植，之后又开展了世界首例膈神经及健侧颈7神经根移位，从而奠定了在国际、国内的领先地位。该科目前有教授11名、副教授9名。在学科带头人顾玉东院士带领下，在“手创伤及断肢（指）再植”、“拇手指再造、皮瓣移植手功能重建”、“周围神经损伤修复”等基础与临床研究领域取得多项突破性进展，其成果获24项国家级、部级、市级科技奖，特别是在臂丛神经损伤诊治领域有多项国际首创。是国家教育部重点学科、卫生部手功能重建重点实验室。
3皮肤科
创建于1929年，是国内历史最为悠久的皮肤性病科之一。其创始人杨国亮教授是皮肤科学界的泰斗。门诊全年无休，日均门诊量逾2500人次（最高时近4000人次），单科门诊量居世界第一。科室拥有教授10余名、副教授20余名，在光敏性疾病、银屑病、白癫风、结缔组织疾病、皮肤淋巴瘤、遗传性皮肤病、过敏性皮肤病及皮肤激光、性病防治等方面居国内领先地位。近年来获国家级、卫生部和市级科技成果奖20余项。
4神经内科
华山医院的特色学科之一，拥有上海市最多的临床床位数和来自海内外的就医病人，也是世界卫生组织神经科学研究与培训合作中心、国家教育部重点学科、上海市医学领先学科。现有教授7名，副教授13名，承担着国家“十五”攻关、卫生部、上海市科委及国家自然科学基金等21项科研任务。在近20多年陆续开展了大量临床研究和与临床相关的基础研究并取得了优异成果：急性脑血管病的规范治疗、一级和二级预防、卒中的康复等临床研究与糖尿病性脑血管病及神经元保护的基础研究；神经系统自身免疫病，特别是重症肌无力、多发性硬化等方面的临床与基础研究，在研究中先后提出了重症肌无力的突触前膜损伤机制，LDW1和Pq基因以及骨骼肌中缺乏25KD蛋白的独创性成果帕金森病和老年痴呆等老年神经变性疾病的研究，在国内开创了农药除草剂致帕金森病的实验研究，老年痴呆的新药临床研究和不同脑梗塞部位的认知障碍等研究；癫痫和偏头痛等发作性疾病的研究。
5传染病科
为国家教育部重点学科，是教育部“211”工程重点建设的学科，也是上海卫生系统的重点学科，由著名的传染病学和临床抗生素权威戴自英教授于1956年创建。目前拥有4名终身教授，6名博士研究生导师和合理的学术梯队。获国家科技部、卫生部、上海市政府和上海市科委科技成果奖20余项。在发热待查、细菌耐药性研究、病毒性肝炎等感染性疾病诊治及其科研方面居国内领先地位。
6中西医结合科
国家教育部重点学科。拥有中科院院士1名、上海市名中医2名、教授9名、副教授9名。全科设有中西医结合内科、肿瘤、针灸、推拿、中医外科及痔科、中西医结合皮肤病和中医妇科等二级学科，拥有中西医结合哮喘和过敏性炎症专业；中西医结合老年及代谢病专业；中西医结合延缓衰老专业；中西医结合激素使用与撤减专业；中西医结合老年心胸内科专业；中西医结合肿瘤专业；中西医结合脑与脊髓疾病专业；中西医结合泌尿系统疾病专业；传统中医专业；中医外科、痔科及皮肤病专业和中医针推伤专业等11个专业分科，其中哮喘和过敏性疾病、糖尿病和冠心病3项专科被市卫生局命名为“上海市中西医结合特色专科”，老年呼吸病为“上海市中西医结合优势专科”。曾获市级以上的科技成果20余项。在中西医结合治疗呼吸系统常见病、多种炎症性疾病、老年病、高血压、冠心病、中风、糖尿病及其慢性并发症、脂肪肝、肥胖、高血脂症、慢性肾病、肿瘤、老年性脑病、外科杂病、妇科杂病、伤骨科常见病、延缓衰老和激素使用等方面具有独到的经验。
7普外科
创立于1932年，发展至今已具相当规模，由医院本部和三个分部组成。核定床位160张。现有胰腺、肝胆、乳房甲状腺、胃肠、肛肠、微创、血管整形、外科营养和移植等10个专业。拥有复旦大学胰腺病和乳腺病两个研究所，有副高职以上专家25名，博士研究生导师3名，硕士研究生导师8名，获卫生部和上海市科技成果奖各一项。
8泌尿外科
创建于1955年，是国家教育部重点学科，“211”工程二期项目重点建设单位，国家首批博士学位授予点，设有泌尿外科博士后流动站。目前有教授2名，副教授9名。泌尿生殖系肿瘤、尿动力学、肾移植以及微创泌尿外科手术等为科室特色，具有较高水平。器官冷冻保存技术的研究为国际领先，在世界上首次成功完成大鼠卵巢冷冻复温后的移植，获得了包括教育部科学技术进步奖在内的多项奖。
9肾脏科
由中国肾脏病学创始人之一的邱传禄教授和林善锬教授创立于1962年，为国家教育部重点学科和“211”工程重点建设学科。在国内较早开展肾活检和透析治疗，年肾病理量约为600例，年肾移植数量居上海市前三位。血液净化中心和血浆净化中心能开展国内外所有常用的血液净化技术。对水肿性疾病、高血压、糖尿病肾病的防治、狼疮性肾炎的治疗、危重病人的血液净化治疗、透析中的炎症和氧化应激等方面的研究在国内具有重要地位，部分项目达到了国际先进水平，获得省部级科研成果奖4项。
10心内科
国家教育部重点学科，现有人员包括终身教授1人，教授4人，副教授4人，主治医师8人，住院医师4人。该科拥有心脏监护病房和专科病房、专科门诊、心导管室、心电图室和超声心动图室，以冠心病、高血压、心律失常和心力衰竭的诊断和治疗为特色，尤其专长冠心病和心力衰竭的中西医结合治疗，获卫生部和国家中医药管理局科技进步奖。
11放射科
创建于上世纪30年代。1997年被评为“211”工程影像医学重点建设学科，2001年被评为国家教育部重点学科。学科点是国内最早建立的博士点之一。科室拥有博士研究生导师2名，硕士研究生导师5名，副高职称以上人员15名。拥有CT4台、MRI5台、DSA3台等多台一流的先进影像设备。在中枢神经系统重大疾病的影像学、功能性MRI研究和神经介入放射学方面特色鲜明。
12抗生素研究所
成立于1963年，是卫生部抗生素临床药理重点开放实验室、国家抗感染药临床研究基地、科技部抗感染新药临床试验研究中心、世界卫生组织在中国的细菌耐药监测点。在感染性疾病的诊断与治疗、抗感染药临床药理和临床评价、细菌耐药性防治研究等方面在国内处于领先水平。该所设有感染病门诊和病房，承担了感染病诊治的医疗工作以及院内外疑难、危重感染病的会诊和救治工作，获国家级、部委级成果奖20余项。
13检验医学中心
上海市第一个教育部临床检验诊断学博士点，上海市唯一的检验医学重点建设学科，也是国际多中心临床药物试验的中心实验室，目前已成为中国唯一一所纳入全球临床试验网络的NGSP1级实验室。2006年正式通过美国病理学会的临床检验质量体系认可，成为中国大陆第一家通过CAP认可的医院检验科。
14PET中心
成立于1999年，是上海和华东地区首批经国家卫生部批准建立的PET中心，拥有西门子公司Biograph Sensation 16PET/CT和CTI公司RDS111回旋加速器以及18F、13N、11C等多条正电子药物生产线。经过多年运转，建立了高标准和高质量的医疗管理系统，完成近两万例临床PET显像，积累了较丰富的临床诊断经验。以对受检者百分之百负责、让受检者感到百分之百满意为宗旨，为受检者提供肿瘤、神经精神疾病、心血管疾病、疑难杂症的诊断及健康查体，并安排治疗等优质服务。
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