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由于“立场偏绿，政治正确”，加上他叔叔吴澧培是“独派大佬”、民进党最知名的“金主”，陈水扁上台后，吴钊燮就“学而优则仕”，并加入民进党，一路飞黄腾达。先后出任“总统府副秘书长”、“陆委会主委”。在“陆委会主委”任上，吴钊燮对陈水扁“言听计从”，陈水扁一放什么话，吴钊燮就穿凿附会作“诠释”。2005年，大陆通过《反分裂国家法》，台湾当局恼羞成怒，却又无可奈何，为了“反制”《反分裂国家法》，吴钊燮自作主张，拿大陆在台湾的驻点媒体做文章，以莫须有的罪名中止《人民日报》和新华社记者驻点采访，至今没有恢复。有岛内媒体评论，虽然在“陆委会”任上建树无多，但因为“紧跟领导”，吴钊燮的这顶乌纱帽不仅戴得很牢，而且还得到了“提拔”。
