派阀是决定自民党总裁选举的重要力量。自民党派系繁多，成立之初就有所谓的“八大军团”。20世纪60年代形成了川岛正次郎、福田赳夫、佐藤荣作等多个派系。20世纪70年代又分化为大平正芳、田中角荣、中曾根、福田、三木等派系。
上世纪80年代后，竹下登、金丸信、安倍晋太郎、宫泽喜一、渡边美智雄等又成为新的派系领袖。为了当上自民党总裁取得执政地位，这些派系领袖通过各种方式，扩大自己的势力，甚至不惜收受“政治献金”，成为“金权”丑闻的重要根源。派系间的斗争造成了自民党的长期分裂。
小泉2001年4月上任时发誓“摧毁”旧的自民党，因为派系制度使自民党寸步难行。但事实上，小泉纯一郎之所以得以在日本政坛立足，和自民党内森派的支持有着密切关系。有分析指出，善于作秀的小泉所要的只不过是使保守政治集团只存在一个“小泉派”而已。经过小泉多年的苦心经营，自民党的派系势力进行了重组，对小泉持反对立场的桥本派和龟井派的势力遭到严重削弱，而支持小泉的森派成为自民党内第一大派系。
目前自民党参众两院403名议员，派系分布如下（众、参院议长除外）：
森派：86人；津岛派：75人；丹羽·古贺派：48人；山崎派：36人；伊吹派：32人；高村派：15人；谷垣派：15人；二阶派：14人；原河野派：11人；无派系议员：71人。
