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天津俗谚“先有大直沽，后有天津卫”，说明这里是天津城市的发源地之一。600年前，这里的人们就在这里设“直沽寨”，并在这里建立了天津城市最早的寺庙———大直沽天妃灵慈宫。天津首家遗址类博物馆“元明清天妃宫遗址博物馆”就在天妃灵宫的原址处兴建。
天妃宫遗址博物馆2001年12月修建告竣。看着一件件复原的珍贵文物，仔细端详着博物馆中清晰可辨的“文化堆积层”，每一个参观者似乎都在打开了一本厚重的历史书。史载，大直沽天妃宫建于元代延佑年间（公元1314—1320年），史学界称其为“天津第一庙”，不久因该庙被火焚烧，又在三叉河口以下的海河西岸另建一座天妃庙。泰定三年（公元1326年）重建大直沽天妃庙。于是便有东、西庙之称。东西二庙并存为历史所罕见，两座天妃庙成为天津古代城市的重要标志。
1997年9月至10月，在遗址范围内相继出土了明代石质龟形碑座和《重修敕建天妃灵慈宫碑记》残碑首，其上存有“重修敕建”4个残字和龙纹，这引起社会各界的密切关注，它为确认天妃宫建筑基址的具体位置提供了重要的线索。此后，天津市考古队在此进行了重要的考古发掘，准确地清理出明、清时期天妃宫的大殿基址和元代建筑基址，出土了大量的元、明、清建筑构件和生活用品。据考古队介绍，大直沽天妃宫原占地4000平方米许，有后殿、大殿、东西配殿、山门、戏楼等建筑，明代重修，至1900年八国联军入侵时遭焚毁，1902年当地居民集资重修大殿3间，1976年地震屋毁。在这块地方，实际存在着3座不同历史时期的天妃宫：元代一座，明代及清前期一座，晚清一座。
大直沽天妃宫遗址是近年天津城市考古的重要发现，对于天津城市考古和天津城市史研究，对于天津地区元明清时期的寺庙建筑研究，都具有不容低估的学术价值。它的发现为天津历史文化名城增添了新的历史文化内涵。
如今，这座占地面积达5800平方米的新博物馆已出现在人们眼前，该博物馆除建筑具有特点外，文物部门对新馆的展示内容也颇费了一番心思。目前，新馆展出的有关天妃宫的历史图片、文献200余件，文物200余件。展品中最珍贵的是从遗址出土的几通石碑，其中就有明代《重修敕建天妃灵慈宫碑记》残石碑；天津历史博物馆馆藏的清代天后宫天后的銮驾；19世纪末当地居民书写的一块牌匾。亮相的展品中，还有几十件是在该遗址出土的文物复原件，它们是经过近一年修复才得以展出的，经过专家们认真复制，这些古旧物又恢复了昔日的原貌。
