巢湖作为一个自然水体，必须按照生态系统的自然规律，在采取现代工程技术措施的同时，应当坚持生态保护和污染治理并重的原则，实施生态环境建设。为早日实现巢湖水变清，使巢湖生态步入良性循环，需切实采取五个方面的控制措施：
一是对“点源”污染物排放实施总量控制。未来5年各主要污染物以2000年为基数，逐年减少2％。为此要巩固“一控双达标”成果，大力推行清洁生产，现有企业新增的排污量不得突破已下达的排污总量指标。新上企业或项目，其排污指标可通过调剂，确保该区域不突破已下达的排污总量指标。
二是大力构建环湖生态经济，控制“面源”污染。科学利用和保护滨湖陆地各类土地资源，以调整优化农业产业结构为主线，大力发展生态农业，生产绿色农产品、有机食品，并形成特色规模生态种养业。大力推行退耕还湖、退田还水，推广应用多水塘降氮除磷技术。在丘岗地积极推广节水耐旱作物、发展经果林，实行林经、林药、林粮间作，倡导坡地退耕还林、还草，营建水土保持林。在荒滩、荒坡、荒水地带，大力推广种草养鹅，发展节粮型、草食型的畜禽养殖，以及发展“草－鹅－鱼”、“粮（草）－猪（禽）＋鱼＋草”的立体种养模式。对农村人口适当集中，控制农村面源污染蔓延的趋势。
三是对“内源”底泥进行清淤减肥。巢湖是一个半封闭老年性湖泊，在湖床堆积了大量污染底泥，泥中富积了大量的氮、磷，它们不断向水体释放营养物，形成内源污染，为藻类繁殖提供了营养。巢湖藻类生物现存量达160万吨，其中90％以上是蓝藻（微囊藻）。针对这一现状，一期工程投资3.10亿元对巢湖底泥进行清淤和处置。此外，还要实施生物操纵治理巢湖富营养化项目，规划每年向巢湖投入大规格鲢鳙鱼种3700吨，从湖泊中吸收转化并输出氮480吨、磷100吨。
四是实施生物拦截污染物入湖。污染物主要是通过地表径流和河水流入湖区的。巢湖6.5至9.0米高程湖滩湿地面积18万亩，目前植被覆盖面积不足3万亩。恢复湖滩湿地为阻断污染物入湖的有效途径。为削减入湖污染物，拟在6.5至8.0米高程的湖滩上混交种植适合鱼类产卵繁殖和索饵利用的沉水植物、浮叶植物；在8.0至8.5米高程湖滩上种殖芦苇、获、茭草等挺水植物；在8.5米以上高程湖滩上种植以柳树、池杉、意杨为主的防浪林；在沿湖农田种植以杨树为主的农田林网；(赵日亮)
